Im Normalfall wird (per Hand) als erstes die generelle Aufteilung festgelegt (was auf welcher Seite passiert). Wenn das steht, skizziert ein Zeichner grob jede Seite, um das Layout festzulegen.
Schau dir z.B. hier mal den Arbeitsprozess an:
http://turmmanga.blogspot.com/2009/04/es-grusst-dat-fugu.html
Dann arbeitet der Zeichner die Seiten aus und erstellt eine Reinzeichung. Wie man das macht, kann sehr unterschiedlich sein.
Ob mit Tinte und Rasterfolie am Lichttisch oder mit Grafiktablett und Programm an Scanner und Rechner, alles ist möglich.
Was die Panels (die Einzelbilder auf einer Seite) angeht, so ist es im Grunde besser, wenn man die selbst festlegt. Aber es gibt, soweit ich weiß, auch Programme, die einem das Ganze erleichtern.
Die Hintergründe zeichnet fast jeder (Nicht-Profi) selbst. Manchmal sieht man auch bearbeitete Fotos (z.B. mit einem Rastereffekt) als Hintergrund.
Was Programme betrifft, solltest du dich vermutlich selbst ein bisschen umschauen. Es gibt etliche (die Besten kosten oft einiges), welches dir gefallen könnte, musst du selbst entscheiden. Oft braucht man auch eine gewisse Einarbeitungszeit (ich würde dir raten, nach Tutorials zu suchen, wenn du dich für ein Programm entscheidest).
Ich glaube, das bekannste Programm ist (neben der Adobe CS) Manga Studio (Englisch).
http://manga.smithmicro.com/
Ich bin mit den kostenlosen Programmen nicht wirklich auf dem Laufenden, aber gute Alternativen zur CS waren immer:
Inkscape (Vektorprogramm, gut für die saubere Ausarbeitung der Konturen einer Seite)
http://inkscape.org/
Gimp (Bildbearbeitung, vor allem nützlich für farbige illustrationen, und Fotobearbeitung)
http://www.gimp.org/
Ich würde dir empfehlen, dass du, wenn du im Umgang mit den Programmen eher unsicher bist, lieber alles per Hand ausarbeitest, und am Rechner höchstenes etwas nachbesserst.
Außerdem solltest du sicher im Zeichnen sein, bevor du dich an die Programme wagst.